Hasil penelittian Tesis ini adalah MAN 4 Jakarta merupakan madrasah yang memiliki kewenangan mengatur (otonomi) dalam berbagai aspek, diantaranya: pengetahuan, teknologi, kekuasaan, material, manusia, waktu, dan keuangan itu telah membuat mereka menjadi unggul, karena memiliki kekuatan yang bisa digunakan, memiliki kelemahan yang bisa diatasi, memiliki peluang yang bisa dimanfaatkan, dan mampu mengatasi ancaman menjadi tantangan yang bisa dicarikan solusinya secara bersama-sama.MAN 4 Jakarta merupakan salah satu madrasah unggul, dikarenakan memiliki komitmen terhadap pembangunan Sumber Daya Manusia (SDM) dalam Ilmu Pengetahuan dan Teknologi (IPTEK), dan Iman dan Takwa (IMTAK), diantaranya dalam bidang rekrutmen (guru, tenaga kependidikan, siswa dan kegiatan pembelajaran), sarana dan prasarana yang dimiliki, kegiatan evaluasi yang dilakukan secara berkelanjuyan, prestasi akademik dan prestasi non kademik yang tinggi.
Hal menarik lain yang ditemukan dalam penelittian ini adalah, dalam keotonomian yang dimiliki MAN 4 Jakarta yakni pada aspek pengetahuan, MAN 4 melakukan pengembangan kurikulum nasional dengan, struktur program kurikulumnya menitikberatkan pada penguasaan basic knowledge of science and technology, pendidikan agama, serta penguasaan Bahasa Inggris melalui program Cambridgedan Bahasa Arab, kurikulumnya diperkaya dengan pendidikan yang mengarah kepada kecakapan hidup (life skill) dan jiwa kewirausahaan (entrepreneurship).
Dalam hal teknologi, MAN 4 Jakarta membantu siswa dalam meningkatkan kualitas belajarnya dalam penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi dengan metodologi pembelajaran yang modern melalui penggunaan sarana belajar mengajar yang berbasis pada multimedia, yakni Over Head Projector (OHP), LCD Projector, slide, alat-alat praktek yang tersedia alam ruang laboratorium fisika, kimia, biologi, dan Bahasa.
Dalam hal kekuasaan, MAN 4 Jakarta memiliki keleluasaan dalam melakukan berbagai keputusan yang berkaitan dengan kebijakan pendidikann yakni: dalam penentuan program tahunan madrasah, selalu diilakukan melalui mekanisme rapat kerja yang diikuti oleh seluruh pegawai. Dalam hal material, MAN 4 Jakarta memiliki kewenangan sendiri dalam memenuhi unsur materialnya, tanpa adanya campur tangan pemerintah meskipun sumber dananya sebagian besar berasal dari pemerintah, MAN 4 berkewajiban untuk memberikan laporan yang akuntabel kepada Kementrian Agama terkait dengan sarana dan prasarana di MAN 4 Jakarta.Dalam hal manusia, MAN 4 mengadakan perencanaan pegawai, pengadaan pegawai, pembinaan dan pengembangan pegawai dengan workshop, diklat, seminar, kemudian promosi dan mutasi, pemberhentian pegawai, kompensasi bagi guru berprestasi.
Dalam hal pengaturan waktu, MAN 4 Jakarta memiliki kewenangan sendiri, karena mengingat madrasah ini sebagai sekolah berasrama (boarding school), sehingga memiliki ciri khas tersendiri dalam jadwal kegiatan sehari-harinya. Penyusunan waktu ini disusun berdasarkan struktur kurikulum MAN 4 Jakarta yang dilaksanakan sejak pagi sampai siang hari atau disesuaikan dengan kepentingan pendidikan di MAN 4 Jakarta. MAN 4 Jakarta juga diberi kebebasan untuk melakukan kegiatan-kegiatan yang mendatangkan penghasilan (income generating activities) sehingga sumber keuangan tidak semata-mata tergantung hanya kepada pemerintah, melainkan dari kegiatan kegiatan yang mendatangkan penghasilan seperti bazar, koperasi, kantin, dll.
Pada akhirnya MAN 4 Jakarta mampu menjadi prototipe madrasah yang sudah melaksanakan konsep Manajemen Berbasis Sekolah (MBS) dengan baik dan professional. Menjadi percontohan bagi madrasah lainnya yang juga memiliki otonomi namun belum menjadi madrasah yang unggul.