Kesimpulan besar dari tesis ini adalah untuk membantah pernyataan dari Afrizal Nur di dalam bukunya yang berjudulTafsirAl-Mishbâh̲dalam Sorotan. Dalam tesis ini, penulis menggunakan teori hermeneutika objektivitas, di dalam analisis ini tentunya akan menilai bahwa penafsiran berarti memahami teks sebagaimana yang dipahami pengarangnya, sebab apa yang disebut teks adalah ungkapan jiwa pengarangnya. Sehingga apa yang disebut makna atau tafsiran atasnya tidak didasarkan atas kesimpulan penafsir melainkan diturunkan dan bersifat instruktif.
Adapun pada penelitian tesis ini, menemukan temuan bahwa benar adanya M. Quraish Shihab mengambil rujukan penafsiran yang beraliran Syiah, namun yang perlu dicatat adalah M. Quraish Shihab di dalam TafsirAl-Mishbâh̲-nya cukup objektif di dalam mengutip penafsiran Syî’ah. Jika Afrizal Nur memandang, bahwa M. Quraish Shihab berpihak kepada Syiah, maka menurut penulis Afrizal Nur tidak begitu objektif di dalam menganalisis TafsirAl-Mishbâh̲, karena banyak pernyataan-pernyataan M. Quraish Shihab di dalam tafsirnya yang tidak sependapat dengan penafsiran Thabathaba'i di dalam kitab Tafsiral-Mîzân misalnya.
Argumentasi ini penulis perkuat oleh contoh-contoh ayat serta penafsiran M. Quraish Shihab yang membantah pandangan tokoh Syî’ah seperti Thabathaba’i di dalam penafsirannya. Kutipan tema-tema ini, berdasarkan buku Afrizal Nur TafsirAl-Mishbâh̲dalam Sorotan di antaranya adalah 1). Terlalu mengagungkan puteri Nabi Muhammad Saw. Fatimah R. A. 2). Ali bin Abi Thalib R.Aadalah Orang Pertama Pengganti Rasûlullah Saw. 3). Orang Mukmin di dalam SuratAl-Taubah/9:105 adalah orang-orang khusus 3). Kontroversi tentang “Ahl al-Bait” tema-tema ini merupakan hal-hal yang disoroti oleh Afrizal Nur di dalam TafsirAl-Mishbâh̲.
Adapun berkaitan dengan sejauh mana afiliasi M. Quraish Shihab di dalam mengikuti Syî’ah, terlihat di dalam penafsirannya di dalam membahas ismah dan taqiyyah bagi penafsiran M. Quraish Shihab yang dikutip dari thabathaba'i bahwa Ahl-bayt yang dikatagorikan M. Quraish Shihab di dalamnya terdapat imam-imam syiah. Otomatis M. Quraish Shihab menyatakan bahwa sebagian imam memiliki sifat ishmah yaitu: Ali bin Abi Thalib, Hasan, dan Husein. Dan bagian taqiyyah M. Quraish Shihab terlihat dalam penafsirannya Surat Ali Imrân/3:28. Yang menyatakan bahwa ada yang namanya taqiyyah, akan tetapi dalam urusan akîdah.
Penelitian ini menggunakan model penafsiran maudhû’i yaitu mengumpulkan tema-tema yang dikaji untuk memudahkan pemetaan dalam penelitian, sedangkan penelitian ini menggunakan penelitian kualitatif.