Disertasi ini menyimpulkan bahwa konsep konsep Bhineka Tunggal Ika sejalan dengan paham kebangsaan dalam penafsiran Al-Qur`an. Padanan kata definisi kebangsaan dan kata ummah dalam terminologi. Al-Qur`an mengakui keberadaan bangsa-bngsa terdahulu dan pemerintahan mereka dengan memuat dan menyebut mereka dalam kisah-kisah Al-Qur`an. Dari Analisa mendalam peneliti menyimpulkan bahwa Indonesia merupakan perwujudan ideal konsep kebangsaan yang diinginkan Al-Qur`an. Penelitian ini dilakukan dengan cara penelusuran kepustakaan dari teks tafsir dan pendekatan sejarah dari data-data tentang pelaksanaan pemerintahan umat Islam dari masa ke masa. Dari penelitian teks ayat Al-Qur`an ditemukan bahwa pola pendekatan ultra rasional yang mengatasnakan teks-teks Al-Qur`an telah menjadi sebab awal kekacauan politik dikalangan umat Islam. Peneliti melihat bahwa ayat-ayat yang memperlihatkan wawasan Al- Qur’an dalam masalah ini sesuai dengan praktek pemerintahan yang dilaksanakan masyarakat muslim Indonesia dan masih relevan untuk terus diimplementasikan di Indonesia tanpa harus menghilangkan karakter Al-Qur'an dan menghapus sejarah umat Islam Indonesia sebagai garansi bagi terus berlangsungnya Negara Kesatuan Republik Indonesia. Penelitian ini sejalan dengan penelitian Ali Fahrudin yang melihat bahwa para mufassir Jawa memiliki nasionalisme dan kecintaan kepada tanah air yang tinggi. Sejalan juga dengan Said Romadlan yang melihat bahwa penafsiran Muhammadiyah dan NU adalah kritik terhadap ideology radikalisme yang menyebut khilȃfah Islȃmiyyah sebagai utopis dan ahistoris. Hal ini sesuai dengan Heni Lestari yang menyatakan bahwa pendidikan agama yang holistik berpengaruh pada kesalihan sosial yang menghasilkan pekerti luhur dan sikap toleran yang tinggi. Heni juga tidak setuju dengan konsep yang menganggap bahwa khilafah adalah nasionalisme Islam. Berbeda pemahaman dengan Ahmad Basarah yang mengandaikan adanya Golongan Islam dan Golongan Nasionalis yang berarti menyatakan adanya kubu Islam dan kubu Nasionalis. Hal demikian menimbulkan persepsi bahwa ada golongan yang tidak nasionalis, penyebutan yang adil adalah nasionalis Islam dan nasionalis sekuler.