Kesimpulan penelitian ini adalah bahwa pluralisme dalam pandangan Nurcholish Madjid merupakan sebuah keniscayaan. Sehingga pluralisme akan melahirkan toleransi dalam perbedaan keyakinan. Prinsip yang diusung oleh Nurcholish Madjid yaitu beragama harus memiliki sikap terbuka (inklusif), al-hanifiyyah as-samhah (beragama yang lurus), sehingga melahirkan toleransi, sikap moderat dalam bingkai yang Qur`ani.
Dalam penelitian ini ditemukan, gagasan pluralisme agama Nurcholish Madjid beririsan dengan modernisasi. Masyarakat modern tidak mungkin bisa menghindar dari liberalisasi ataupun sekularisasi. Nurcholish Madjid menawarkan liberalisasi, sekularisasi dan toleransi dalam memandang aneka keragaman. Sontak gagasan ini mendapat respons yang tajam dari beberapa kalangan. Salah satunya adalah M. Rasjidi (1915-2001), yang mengkhawatirkan pemikiran pluralisme agama menjadikan kebenaran dalam setiap agama adalah sama. Tanggapan kontra juga disampaikan oleh Daud Rasyid, yang menyatakan pluralisme agama Nurcholish Madjid adalah agama baru yang tidak pluralis. Mukti Ali (1923-2004), salah satu tokoh yang setuju pluralisme. Dengan konsep agree in disagreement (setuju dalam perbedaan). Membangun dialog adalah cara yang ditawarkan Mukti Ali untuk mencari titik temu dari adanya perbedaan. Batasan Pro dan kontra terhadap pluralisme agama Nurcholish Madjid, menjadi sumbangsih yang sangat besar bagi khasanah pemikiran pembaruan intelektual Islam di Indonesia.
Penelitian ini juga menemukan, bahwa Al-Qur`an banyak memberikan ajaran dan gambaran bagaimana melihat perbedaan dalam hal keyakinan. Al-Qur`an menegaskan bahwa pilihan agama adalah hak setiap individu. Masing-masing individu bertanggungjawab terhadap pilihannya tersebut. Batasan kebebasan melaksanakan ibadah sesuai dengan agama dan keyakinan masing-masing juga diberikan ketegasan melalui Surah al-Kâfirûn/109: 6.
Penelitian ini juga menemukan gagasan pemikiran tentang moderasi beragama. Berangkat dari konsep rahmatan lil „âlamîn, moderasi beragama adalah pemahaman yang perlu terus digaungkan dan diaplikasikan dalam kehidupan sosial kemasyarakatan. Posisi umat Islam sebagai ummatan wasathan (umat yang moderat), dinilai tepat untuk dipraktekkan dalam kehidupan sehari-hari.
Pluralisme agama adalah paham yang tidak mungkin dihindari dalam era modern seperti dewasa ini. Sekalipun demikian, paham pluralisme tersebut dinilai masih memiliki sisi negatif oleh sebagian kalangan. Hal inilah yang juga mendapat sorotan MUI dengan munculnya fatwa yang mengharamkan paham ini, karena pluralisme dianggap sebagai paham yang menyimpang.
Penelitian ini dilatarbelakangi oleh adanya kenyataan bahwa bangsa Indonesia adalah terdiri beragam kultur, budaya, etnis, agama, dan keragaman lainnya. Dari latar belakang tersebut, muncul berbagai pandangan tentang pluralisme. Pemikiran pluralisme agama yang digagas Nurcholish Madjid (1939-2005) menjadi perhatian utama. Fokus penelitian ini tertuju pada konsep pluralisme agama Nurcholish Madjid dalam konteks Indonesia.
Penelitian ini menggunakan metode penelitian kepustakaan (library research), dengan mengumpulkan, membaca, menelaah dan mencatat berbagai literatur yang terkait dengan pembahasan, kemudian disaring dan dituangkan dalam pembahasan. Dalam penelitian ini, penulis menggunakan teori sosial dengan pendekan kualitatif dan dengan menggunakan analitis kebahasaan.