Ayat-ayat kauniyahdalam Al-Qur’an mengandung banyak isyarat sains, salah satunya mengenai morfologi tumbuhan berbiji. Penafsiran ayat-ayat kauniyah sendiri memiliki banyak perdebatan diantara para ulama. Ada yang mendukung, menentang, dan berdiri diantara keduanya. Imam Al Ghazali menyatakan bahwa Al-Qur’an mengungkapkan 77.200 macam ilmu, yang disampaikan dalam bentuk isyarat-isyarat yang mengandung prinsip dasar. Maurice Bucaille memperkuat perkataan tersebut dengan membuktikan ayat yang menceritakan peristiwa tenggelamnya Fir’aun dalam penelitiannya terhadap mumi Fir’aun. Sementara itu, Abu Ishaq Al-Syatibi berpendapat menafsirkan Al-Qur’an dengan ilmu pengetahuan itu melampaui batas. Ja’far Nekounam menambahkan bahwa bahasa yang digunakan Al-Qur’an yang sangat umum, sehingga tidak mungkin familiar dengan istilah-istilah sains terkini. Perdebatan tersebut mempunyai titik tengah, yaitu dari pendapat Muhammad Musthafa Al-Maraghi yang menyatakan bahwa sebenarnya Al-Qur’an dapat diuraikan kepada semua orang secara terperinci dengan pendekatan ilmu pengetahuan sesuai dengan perkembangan zaman, walaupun tidak diperbolehkan untuk menarik ayat-ayat Al-Qur’an untuk menguraikan kebenaran ilmu pengetahuan maupun sebaliknya.
Penelitian ini bertujuan untukmenjelaskan isyarat tentang morfologitumbuhan berbiji dalam Al-Qur’an sertapenafsiran ayat-ayat tentang morfologi tumbuhan berbiji dalam Tafsir Al-Jawâhir fî Tafsîr Al-Qur’ân Al-Karîm dari TanthawiJauhariserta Tafsir Ilmi Tumbuhan Dalam Perspektif Al-Qur’an dan Sains dari Lajnah Pentashihan Mushaf Al-Qur'anKemenag RI.Metode penelitian yang digunakan adalah kualitatif melaluilibrary research, dengansumber data dari berbagai bahan terkait langsung atau tidak langsung dengan penelitian ini. Sedangkan metode penafsiran Al-Qur’an yang digunakan adalah metode tafsir Al-Maudhu’i (tematik).Keduanya digunakan agar dapat menghasilkan data deskriptif melalui observasi terhadap surat dan ayat Al-Qur’an, serta isyarat sains di dalamnya.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa Al-Qur’an menjelaskan isyarat morfologi tumbuhan berbijidalam bentuk fisik serta perumpamaan (amtsal),yang disebutkan sebanyak 26 kata dalam 39 surat dan 87 ayat. Penulis menemukandalam TafsirAl-Jawâhir fî Tafsîr Al-Qur’ân Al-Karîm,surat dan ayat yang secara lengkap menafsirkanmorfologi tumbuhan berbiji adalah suratAl An’am/6: 99 yang membahas morfologi bunga, An Naml/27:60 yang membahas morfologi akar, batang dan daun, serta Yasin/36:80 yang membahas morfologi daun. Sedangkan dalam Tafsir Ilmi Tumbuhan Dalam Perspektif Al-Qur’an dan Sains, yang menafsirkan morfologi tumbuhan secara lengkap adalah surat Al An’am/6: 99yang membahas tentang “substansi hijau” pada tumbuhan, lalu dari “substansi hijau” tersebut diuraikan mengenai proses fotosintesis yang ditafsirkan pada surat At Takwir/81: 17-18, Yasin/36: 80 dan Al Waqi’ah/56: 71-72, serta penafsiran terhadap biji sebagai bagian dari perkembangan tumbuhan pada surat Al An’am/6: 95.