Disertasi ini menyimpulkan bahwa transformasi Lembaga Pendidikan Pesantren di Indonesia, berdasar aspek hasil transformasi, maka pesantren tebuireng adalah model integrasi penuh. Sedangkan di pesantren Baitul hikmah adalah model integrasi selektif. Untuk pesantren Ngruki adalah termasuk model transformasi integrasi instrumental. Ada lima parameter yang menjadi indikator terjadinya transformasi pendidikan yaitu transformasi kepemimpinan, transformasi sistem Pendidikan, transformasi kurikulum, transformasi metode pembelajaran, transformasi tingkat rasionalitas dan kreatifitas siswa.
Kesimpulan tersebut diperoleh dengan cara melakukan analisis dari berbagai sumber yang berkaitan dengan ketiga pesantren tersebut di atas, termasuk wawancara yang dilakukan. Analisis dilakukan menggunakan landasan/dasar buku-buku, jurnal, dan disertasi dari penulis dalam dan luar negeri yang tulisannya telah diakui, yang kemudian dianalisis secara kritis atas data yang ada.
Disertasi ini pada dasarnya berbeda dengan pandangan yang disampaikan oleh Charlene Tan tentang penggunaan metode indoktrinasi di Lembaga pesantren di Indonesia. Disertasi ini juga berbeda dengan pandangan dari Ilham Ansyori yang menyampaikan tentang kontribusi pesantren di Manna Bengkulu terhadap perkembangan Pendidikan Islam. Namun, disertasi tersebut sejalan dengan pandangan yang dikemukakan oleh Furqon Saefudin tentang pendidikan pesantren dan bagaimana relevansinya dengan zaman modern dengan tetap mempertahankan kultur trdisional pesantren di Indonesia. Disertasi ini juga memiliki pandangan yang hamper sama dengan tulisan M Firdaus Fahrur Rozi yang mengangkat tentang modernisasi system pembelajaran pesantren.
Disertasi ini menggunakan metode penelitian deskriptif-analisis, dengan mengumpulkan data-data tentang ketiga pesantren yang diteliti, baik lewat studi pustaka dan Sebagian melalui wawancara secara langsung. Analisis menggunakan metode analisis kritis atas data yang tersaji dengan landasan teori yang digunakan yaitu teori transformasi pendidikan dan pedagogi kritis menurut Islam. Terakhir, dibuatkan konsep alternatif transformasi pendidikan Islam yang ideal.