Kesimpulan disertasi ini terkait penempatan dan penandaan waqaf dalam Mushaf Standar Indonesia (MSI) ialah bahwa penempatan waqaf dalam Mushaf Standar Indonesia (MSI) secara keseluruhan memiliki sandaran referensi dalam karya-karya utama al-waqf wa al-ibtidâ' yang ditulis sejak abad ke-4 sampai dengan abad 14 Hijriyyah atau abad 10 sampai dengan abad 20 Masehi, namun dalam sistem penandaan waqaf terdapat ketidaktepatan penggunaan tanda-tanda waqaf ketika proses penyederhanaan dan perubahan dari 12 tanda waqaf sistem penandaan waqaf al-Sajâwandî menjadi mengikuti sistem penandaan waqaf Khalaf al-Husainî dengan 6 tanda waqaf, sehingga ketidaktepatan penggunaan tanda-tanda waqaf tersebut tidak dapat diterapkan dengan baik dalam penandaan pada terjemahan Al-Qur’an, karena pada dasarnya penempatan dan penandaan waqaf adalah sebuah penafsiran terhadap makna ayat-ayat Al-Qur’an yang seharusnya pasti akan selaras dan dapat dideteksi dalam terjemahan Al-Qur’an.
Oleh karena itu, disertasi ini menawarkan reposisi penandaan waqaf dengan tetap mempertahankan tanda-tanda waqaf Khalaf al-Husainî (w. 1357 H/1939 M) yang penggunaannya akan disesuaikan berdasarkan tiga klasifikasi umum waqaf, yaitu tanda waqaf untuk waqaf tâmm, tanda waqaf untuk waqaf kâfî, dan tanda waqaf untuk waqaf jâ'iz, dan dengan tetap mempertahankan sebagian besar tempat-tempat waqaf al-Sajâwandî (w. 560 H/1166 M), namun dengan mengadopsi sistem penandaan waqaf al-Habthî (w. 930 H/1524 M) dengan membubuhkan tanda-tanda waqaf terhadap seluruh kalimat-kalimat Al-Qur’an yang terdapat waqaf, baik di tengah ayat maupun di akhir ayat, kemudian akan menerapkannya pada terjemahan Al-Qur’an yang sesuai dengan penempatan dan penandaan waqaf yang dipilih, yaitu waqaf tâmm akan ditandakan sebagai titik, waqaf kâfî akan ditandakan sebagai titik atau koma dengan memperhatikan keterfahaman arti kandungan ayat, serta waqaf jâ'iz akan ditandakan sebagai koma atau terkadang tidak ditandakan dengan melihat keterfahaman ayat, meskipun, memang tidak semua tanda koma dalam terjemahan disebabkan oleh adanya tanda waqaf dalam teks ayat Al-Qur’an, namun sebagian tanda koma juga disebabkan oleh kaidah-kaidah penulisan dalam struktur Bahasa Indonesia.
Adapun pendekatan yang digunakan dalam disertasi ini ialah pendekatan historis komperatif-bibliografik, dengan melakukan perujukan kepada karya-karya utama al-waqf wa al-ibtidâ' dari abad ke-4 sampai dengan abad 14 Hijriyyah atau abad 10 sampai dengan abad 20 Masehi, serta dengan memperbandingkan kepada mushaf-mushaf Al-Qur’an cetak dari berbagai negara, seperti Mesir, Madinah, Turki, Bombay, Maroko, Tunisia, Libya, dan beberapa negara lainnya.