Tata kekola pondok pesantren dalam era global mendapat tantangan berat dan paling urgent yang harus dibenahi oleh pesantren sebagai langkah antisipatif tersebut adalah pembenahan pola manajemen, sebab pola manajemen pesantren cenderung dilakukan secara insidental dan kurang memperhatikan tujuan-tujuannya yang telah disistematisasikan secara hirarkis.

Sistem manajemen pendidikan pesantren biasanya dilakukan secara alami dengan pola manajerial yang tetap (sama) dalam tiap tahunnya. Masih banyak pesantrenyan belum melakukan Perubahan-perubahan mendasar dalam pengelolaan pesantren.