Dari penelitian yang dilakukan mengenai tema yang dibahas diperoleh kesimpulan bahwa Al-Qur’an selain membahas tentang hal-hal yang bersifat ibadah, aqidah, akhlak, mu’amalah dan sejarah. Namun didalam Al-Qur’an juga terdapat banyak ayat-ayat yang mengandung isyarat ilmiah atau ayat-ayat kauniyyah. Di mana jumlah ayat yang membahas hal tersebut kurang lebih 750 ayat. Al-Ghazali menunjukkan dalil aqli dan naqli, adalah sumber ilmu pengetahuan yang tidak terbatas, karena di dalamnya diungkapkan af’al dan sifat-sifat Allah, hanya dapat ditemukan oleh orang yang memahaminya. Dengan banyaknya ayat-ayat di dalam Al-Qur’an yang menujukan isyarat ilmiah, hal tersebut menunjukan bahwa betapa Al-Qur’an bisa menjawab semua tantangan meski dari sains modern.
Walaupun ayat-ayat yang mengandung isyarat ilmiah hanya dibahas secara ringkas dan tidak terlalu panjang, tetapi bukan berarti bahwa tidak ada makna dan maksud lain yang terkandung didalamnya, karena Al-Qur’an turun bukan sebagai kitab ilmu pengetahuan melainkan sebagai petunjuk dan pedoman hidup untuk manusia.
“Relasi Agama dan Sains dalam Tafsir Ilmi Kementerian Agama RI”, dalam tesis ini penulis ingin membahas tentang bagaimana upaya yang dilakukan oleh tim penyusun Tafsir Ilmi Kementerian Agama, mengenai dengan relasi agama dan sains. Tokoh-tokoh yang menerima penafsiran Al-Qur’an dengan corak tafsir ilmi yaitu Abu Hamid al-Ghazali, Fakhruddin ar-Razi, al-Zarkasyi, Jalaluddin as-Suyuthi, al-Marsi dan Thantawi Jauhari. Sedangkan yang menolak Al-Qur’an ditafsirkan menggunakan corak tafsir ilmi adalah Abu Ishaq al-Syatibi, Husein ad-Dzahabi, dan Mahmud Syaltut.
Hal menarik yang ditemukan dalam penelitian ini adalah, dalam membangun relasi agama dan sains tim penyusun Tafsir Ilmi Kementerian Agama membahas penafsiran Al-Qur’an berdasarkan tema-tema pembahasan didalam menafsirkan ayat-ayat Al-Qur’an tim penyusun selain menggunakan kaidah-kaidah penafsiran Al-Qur’an juga menggunakan hadis Nabi Muhammad Saw, selain itu penafsirannya juga menggunakan sains seperti, fisika, kimia, geologi, biologi, astronomi dan sebagainya.
Penelitian tentang relasi agama dan sains dalam Tafsir Ilmi Kementerian Agama ini termasuk kedalam kategori penelitian kepustakaan (library research), karena bahan-bahan dan informasi yang digunakan dalam penelitian ini bersumber dari bahan-bahan kepustakaan. Selain itu, penelitian ini juga termasuk kedalam penelitian kualitatif dimana data-data yang di kumpulkan dan di analisa berbentuk kata-kata atau kalimat yang naratif. Sedangkan pendekatan yang digunakan dalam penelitian ini adalah pendekatan descriptive analisis, diharapkan dengan pendekatan ini akan diperoleh hasil yang representatif sesuai pada tema pembahasan yang diteliti pada tesis ini.