Penelitian ini bertujuan untuk menguji dan mengetahui data-data empiric mengenai Pengaruh Sistem Pembelajaran Pondok Pesantren Dan Metode Mengajar Guru terhadap Prestasi Belajar Santri secara terpisah maupun simultan. Dalam penelitian ini, penulis menggunakan metode survei dengan pendekatan korelasional terhadap data-data kuantitatif yang diperoleh dari objek penelitian yaitu santri Pesantren Baitussalam Tajur Halang, Bogor. Sampel penelitian ini adalah sebanyak 120 responden santri Pesantren Baitussalam dari total 173 populasi pada semester ganjil tahun ajaran 2015-2016. Pengumpulan data dilakukan dengan menggunakan teknik observasi, dokumentasi, danangket/kuesioner. Jenis analisis yang digunakan adalah analisa korelasi dan regresi yang dijabarkan secara deskriptif. Hasil dari penelitian ini adalah: Pertama, Terdapat pengaruh yang positif dan signifikan antara sistempembelajaran pondok pesantren terhadap prestasi belajar santri di pesantren Baitussalam, Tajur Halang, Bogor yang ditunjukkan dengan besarnya nilai koefisien korelasi (R) sebesar 0,549, dan koefisien determinasi (R2) 30,2%. Bentuk hubungan ditunjukkan dengan persamaan regresi Ŷ = 47.539 + 0,279X1, yang berarti bahwa setiap peningkatan satu unit skor sistem pembelajaran pondok pesantren akan mempengaruhi peningkatan skor prestasi belajar santri sebesar 0,279. Kedua, Terdapat pengaruh yang positif dan signifikan antara metode mengajar guru terhadap prestasi belajar santri di pesantren Baitussalam, Tajur Halang, Bogor yang ditunjukkan dengan besarnya nilai koefisien korelasi antara kedua variabel ini sebesar 0,632. dan koefisien determinasi (R2) 40,0%. Bentuk hubungan ditunjukkan dengan persamaan regresi Ŷ = 35.824 + 0,360X2, yang berarti bahwa setiap peningkatan satu unit skor metode mengajar guru akan mempengaruhi peningkatan skor prestasi belajar santri sebesar 0,360. Ketiga, Terdapat pengaruh yang positif dan signifikan antara system pembelajaran pondok pesantren dan metode mengajar guru secara bersama-sana terhadap prestasi belajar santri di pesantren Baitussalam, Tajur Halang, Bogor yang ditunjukkan oleh nilai probabilitas (sig.F change) = 0,00 lebih kecil dari 0,05 (0,00 < 0,05). Nilai koefisien korelasi antara kedua variabel ini sebesar 0,633. dan koefisien determinasi (R2) 40,1%. Bentuk hubungan ditunjukkan dengan persamaan persamaan regresi Ŷ = 35.633 + 0,038X1+0,324X2, yang berarti bahwa setiap peningkatan satu unit skor sistem pembelajaran pondok pesantren (X1) dan metode mengajar guru (X2) secara bersama-sama akan mempengaruhi peningkatan skor prestasi belajar (Y) sebesar 0,362.