Hasil yang ditemukan dalam penelitian ini adalah:
Pertama, Metode diskusi dilakukan dalam bentuk Tanya Jawab antara pengajar dan santri saat pengajaran model bandongan. Metode diskusi ini digunakan dalam pendalaman pembelajaran khususnya pada kitab-kitab salaf. Santri dibentuk dalam dua kelompok yang pro dan kontra terhadap suatu permasalahan. Dalam diskusi ini setiap kelompok berdiskusi dengan berbagai literatur yang akademisi.Diskusi ini terkadang dibuat dalam model SSC (Santri Study Club) yang mengikuti model ILC (Indonesia Lawers Club). Selain itu metode diskusi juga digunakan dalam bentuk presentasi, setiap santri ditugaskan untuk mempresentasikan suatu tema pembahasan dalam suatu kitab salaf kemudian mendiskusikan secara bersama-sama maksud dari isi kitab tersebut. Begitupun dalam diskusi harian yang disebut Mubahatsah setiap santri dibentuk ke dalam beberapa kelompok kecil. Setiap kelompok ini mendiskusikan kembali materi yang didapatkan dari ustadz/ustadzahnya dikelas secara bergantian.
Kedua, Model diskusi di pesantren khatamun nabiyyin berbeda dengan model diskusi dalam proses belajar mengajar secara umum. Jika umumnya diskusi dilakukan secara bebas dengan kesimpulan yang bebas pula, maka diskusi di pesantren Khatamun Nabiyyin dilaksanakan secara terpimpin untuk mendalami suatu pembahasan tertentu, dengan kesimpulan yang bebas tetapi tetap bersesuaian keilmuan yang diajarkan oleh kyai atau ustadz.